Sagan piłkarską karierę rozpoczynał w klubie z rodzinnej Łodzi, ŁKS-ie. Spędził w nim jednak tylko kilka miesięcy, bowiem w bardzo młodym wieku wyjechał za granicę. Z biegiem czasu wydawać się mogło, że była to jedna z gorszych decyzji podjętych przez Sagana, ponieważ zarówno w Feyenoordzie Rotterdam, jak i w Hamburger SV nie zawojował nic. Istotną rolę w tamtym czasie odegrał mimo wszystko groźny wypadek motocyklowy, do jakiego doszło w kwietniu 1998. Po powrocie do Polski, szybko zdołał się otrząsnąć, osiągając bardzo dobre wyniki z ŁKS-em, Orlenem Płock, Odrą Wodzisław i Legią Warszawa. Z tym pierwszym w sezonie 1997/98 wywalczył mistrzostwo kraju. Po dwóch udanych latach w warszawskiej Legii, Saganowski przenosi się do portugalskiej Vitórii Guimarães.

A rok później reprezentował już francuskie Troyes AC. Od stycznia 2007 w ramach wypożyczenia, trafił do angielskiego drugoligowca Southampton FC. W kontrakcie zawarto opcję pierwokupu, z czego Anglicy skorzystali. Ostatecznie Marek pozostał na St Mary's Stadium na kolejne dwa lata. Od 2009 reprezentował barwy Aalborg BK. Z duńskim zespołem pojawił się przede wszystkim w elitarnej Champions League, w której zdobył nawet bramkę. W grudniu 2009 snajper rozwiązał umowę ze Świętymi i już na początku 2010 roku podpisał kontrakt z greckim Atromitosem Ateny. W maju 2011 roku wydał informujące oświadczenie, iz odchodzi z Atromitosu z powodów rodzinnych. 11 czerwca 2011 podpisał kontrakt z ŁKS Łódź.

Statystyki w Feyenoordzie:

Debiut w Feyenoordzie: Brak danych
Sezon:	Mecze:	Bramki:	ŻK:	CK:
1996–1997	7	0	0	0

Statystyki ogólne:

[Opracował: Damian Maszycki]