Danilo Pereira grał w drużynach młodzieżowych Portuguesy, Corinthians, Ponte Preta, Vasco da Gama i Santosu. We wrześniu 2017 roku odszedł do Ajaksu za dwa miliony euro, a 25 marca 2018 roku zadebiutował w drużynie Jong Ajax w rozgrywkach Eerste divisie. 

W sezonie 2019/20 również był częścią zespołu rezerw klubu z Amsterdamu, ale 23 lutego 2020 roku zadebiutował w pierwszej drużynie, wchodząc z ławki podczas wyjazdowego meczu z Heraclesem Almelo.

27 lutego po raz pierwszy znalazł się w wyjściowym składzie pierwszej drużyny i zadebiutował od razu z bramką w Lidze Europy podczas domowego spotkania z Getafe.

W sezonie 2020-2021 został wypożyczony przez Ajax do FC Twente. Dla tego klubu zdobył dziewięć bramek w pierwszych dziewięciu występach. W sumie w Enschede rozegrał 33 spotkania i dopisał na swoje konto 19 trafień. Tym samym Danilo stał się czwartym Brazylijczykiem, po Romário, Ronaldo i Afonso Alvesie, który strzelił więcej niż cztery gole w Eredivisie. 

Na początku sezonu 2021-2022 Danilo wrócił do Amsterdamu. Otrzymał koszulkę z numerem 9 i dał do zrozumienia, że teraz zamierza powalczyć o miejsce w jedenastce. Ale patrząc z perspektywy czasu, jego sytuacja tak czy siak się nie zmieniła. Pierw był zmiennikiem Sébastiena Hallera, a co więcej, kilka miesięcy później Ajax sprowadził do ataku jeszcze Briana Brobbeya z RB Lipsk. 24 marca 2022 roku Danilo ogłosił, że opuszcza Ajax.

19 maja ogłoszono, że po wygaśnięciu kontraktu przejdzie do odwiecznego rywala, Feyenoordu Rotterdam. Na De Kuip podpisał kontrakt do 2026 roku. 

DEBIUT W FEYENOORDZIE: 07-08-2022  Vitesse Arnhem - Feyenoord 2-5