Sagan piłkarską karierę rozpoczynał w klubie z rodzinnej Łodzi, ŁKS-ie. Spędził w nim jednak tylko kilka miesięcy, bowiem w bardzo młodym wieku wyjechał za granicę. Z biegiem czasu wydawać się mogło, że była to jedna z gorszych decyzji podjętych przez Sagana, ponieważ zarówno w Feyenoordzie Rotterdam, jak i w Hamburger SV nie zawojował nic.

Istotną rolę w tamtym czasie odegrał mimo wszystko groźny wypadek motocyklowy, do jakiego doszło w kwietniu 1998. Po powrocie do Polski, szybko zdołał się otrząsnąć, osiągając bardzo dobre wyniki z ŁKS-em, Orlenem Płock, Odrą Wodzisław i Legią Warszawa. Z tym pierwszym w sezonie 1997-1998 wywalczył mistrzostwo kraju. Po dwóch udanych latach w warszawskiej Legii, Saganowski przenosi się do portugalskiej Vitórii Guimarães.

A rok później reprezentował już francuskie Troyes AC. Od stycznia 2007 w ramach wypożyczenia, trafił do angielskiego drugoligowca Southampton FC. W kontrakcie zawarto opcję pierwokupu, z czego Anglicy skorzystali. Ostatecznie Marek pozostał na St Mary's Stadium na kolejne dwa lata. Od 2009 reprezentował barwy Aalborg BK. Z duńskim zespołem pojawił się przede wszystkim w elitarnej Champions League, w której zdobył nawet bramkę. W grudniu 2009 snajper rozwiązał umowę ze Świętymi i już na początku 2010 roku podpisał kontrakt z greckim Atromitosem Ateny.

W maju 2011 roku wydał informujące oświadczenie, iż odchodzi z Atromitosu z powodów rodzinnych. 11 czerwca 2011 podpisał kontrakt z ŁKS Łódź, w którym rozegrał 29 spotkań i do bramki przeciwników trafiał 6-cio krotnie. Od sezonu 2012-2013 występował, aż do sezonu 2015-2016 w klubie, w którym już miał okazję grać w sezonach od 2002-2005, czyli Legii Warszawa.