Henrik Larsson przygodę z piłką rozpoczął w wieku sześciu lat w zespole Högaborgs BK, a karierę zawodową zapoczątkował mając siedemnaście lat, grając dla ich drużyny seniorów. W ciągu czterech lat gry na wysokim poziomie z Högaborg, Larsson strzelił 23 gole w 74 meczach. W 1992 roku podpisał kontrakt z Helsingborgiem. W swoim pierwszym zawodowym zdobył aż 34 bramki i wraz z weteranem w ataku, Matsem Magnussonem zapewnił drużynie awans do Allsvenskan, szwedzkiej ekstraklasy. Jego gwiazda świeciła coraz mocniej i w następnych rozgrywkach szesnastokrotnie wpisywał się na listę strzelców, a The Reds zajęli wtedy miejsce w środku ligowej stawki.

W listopadzie 1993 Feyenoord Rotterdam za opłatą wynoszącą 295.000 euro sprowadził napastnika na De Kuip. Za transfer odpowiedzialny był ówczesny dyrektor techniczny, Wim Jansen. - Czułem, że będzie pasował do Feyenoordu. Był szybki i miał dobrą technikę. Musiał jedynie popracować nad strzałem i grą głową - powiedział Jansen. Larsson miał czas na dostosowanie się do pracy i życia w obcym kraju i zebrał tylko skromne sześć goli w 27 występach w swoim pierwszym sezonie. Swoje rekordy strzeleckie poprawiał z każdym kolejnym rokiem. Szwed jednak często okazywał swoją frustrację, głównie odnoszącą się do trenerów, którzy często ustawiali go na różnych pozycjach. 'Henka' po raz pierwszy zwycięzcą mógł czuć się 12 maja 1994 roku, kiedy Feyenoord pokonał w finale Pucharu Holandii zespół NEC Nijmegen. W następnym sezonie zdobył drugi medal w tym samym turnieju. Wtedy Portowcy ograli 2-1 FC Volendam. 

W 1997 roku Larsson zakomunikował, że chce odejść. Dopiął swego i w końcu w lipcu 1997 roku za 650.000 funtów brytyjskich podpisał kontrakt ze szkockim Celtikiem Glasgow. Jego debiut w nowych barwach nie był tak spektakularny. W meczu z Hibernian zagrał piłkę do przeciwnika, co zaowocowało porażką The Boys 2-1. Po złym początku sezonu, zdobył 18 bramek we wszystkich rozgrywkach i był najlepszym strzelcem Celtiku w sezonie. W listopadzie 1997 r. Larsson zdobył swoje pierwsze trofeum z klubem. Dzięki zwycięstwu nad Dundee United 3-0, Koniczynki wywalczyły Puchar Ligi Szkockiej. W ostatnim dniu rozgrywek, szwedzki zawodnik pięknym trafieniem ustalił wynik meczu z St Johnstone (2-0), co oznaczało mistrzostwo. 

Następny sezon był dużym rozczarowaniem, Celtic był gorszy od Rangers zarówno w nowo powstałej SPL oraz w Pucharze Szkocji. W ciągu siedmiu lat w Glasgow, Larsson zdobył cztery tytuły i tyle samo innych krajowych pucharów. Był najlepszym strzelcem w Scottish Premier League w pięciu z sześciu sezonów. W sumie Larsson strzelił 242 bramek dla Celticu w 315 meczach. Pod koniec sezonu 2003-04 Larsson opuścił Celtic na zasadzie wolnego transferu i podpisał roczny kontrakt z FC Barceloną z opcją na drugi rok. W barwach Blaugrana odgrywał tylko symboliczną rolę. W pierwszym sezonie na Camp Nou strzelił trzy gole w 12 meczach ligowych i jednego (przeciwko Celtikowi) w czterech występach w Champions League. 20 listopada 2004 r., w czasie zwycięskiego meczu z Realem Madryt (3-0), Larsson zerwał więzadło krzyżowe i łąkotkę w lewym kolanie.

Mimo, że stracił większość sezonu 2004-05, Barcelona miała możliwość przedłużenia jego umowy. Mimo wszystko, sam zawodnik w grudniu 2005 ogłosił, że w lipcu to on odejdzie i wróci do Szwecji, gdzie planował zakończyć karierę. Po wyeliminowaniu Szwecji z Mistrzostw Świata 2006, Larsson powrócił do byłego klubu. W nowych, starych barwach wywalczył kolejne krajowe trofea do swojej kolekcji. Wkrótce po dołączeniu do Helsingborga, podpisano umowę na jego wypożyczenie do Manchesteru United. Już w swoim debiucie, zdobył gola z Aston Villą w ramach FA Cup. W lidze z kolei po raz pierwszy trafił 31 stycznia w wygranym 4:0 spotkaniu nad Watford. 

Na Wyspach dużo czasu nie spędził. Larsson oświadczył, że złożył obietnicę jego rodzinie i klubowi, że powróci 12 marca. Dwa miesiące po jego odejściu, Manchester wywalczył mistrzostwo. I chociaż Larsson nie rozegrał dziesięciu wymaganych meczów w lidze, by otrzymać medal, to otrzymał specjalną dyspensę od Premier League i medal dopisano na jego konto. Z zawodową piłką pożegnał się 28 października 2009. Larsson był też wieloletnim reprezentantem kraju. Dla drużyny narodowej rozegrał 106 spotkań i strzelił 37 bramek.