Trauner rozpoczął swoją karierę w SV Kematen am Innbach w Górnej Austrii. Jako zawodnik młodzieżowy, pozostawał w tym klubie do 2006 roku. Następnie przeniósł się do Akademii Piłkarskiej w Linzu. Tam przeszedł przez wszystkie zespoły z U-15 do U-19. Punktem kulminacyjnym jego kariery było zdobycie mistrzostwa z U-17 w sezonie 2008/09.

W lutym 2010 roku podpisał kontrakt z LASK. Trauner był początkowo używany przez LASK Juniors, zespół, który grał na poziomie Landesligi. 21 marca 2010 roku w meczu przeciwko SV Gmunden zadebiutował w stroju Czarno-Białych. Był autorem jednego z goli, a jego zespół wygrał 6-1. W swoim pierwszym sezonie zaliczył kolejne dziesięć występów i strzelił jeszcze trzy gole (przeciwko SV Sierning, SV Bad Schallerbach i Unionowi Vöcklamarkt).

W sezonie 2010/11, Trauner został sprowadzony do pierwszego zespołu LASK. W Bundeslidze zadebiutował 31 lipca 2010 roku w derbach Górnej Austrii przeciwko SV Ried, gdzie w 78. minucie zastąpił go René Aufhauser. Latem 2012 roku przeniósł się do SV Ried. Tam zadebiutował w przegranym 0:1 domowym meczu ze SK Sturm Graz 1 września 2012 roku. Po pięciu latach wrócił na stare śmieci, czyli do Linzu i tamtejszego LASK. 

7 marca 2015 roku Gernot Trauner zdobył swoją pierwszą bramkę w Bundeslidze, kiedy pokonał golkipera SV Grödig (2:1). W maju 2015 roku jego kontrakt został przedłużony o dwa lata do lata 2017 roku. Po spadku z Ried do drugiej ligi, wrócił do klubu Bundesligi. I od tamtego momentu był już niezastąpiony. Grał niemal wszystko, od deski do deski. Wyrósł nawet na kapitana, bez którego nie wyobrażano sobie już tej drużyny. Po wielu latach na austriackich boiskach, 26 lipca 2021 został ogłoszony nowym zawodnikiem Feyenoordu. 

W barwach klubu z Rotterdamu Trauner zadebiutował 5 sierpnia 2021 roku w wyjazdowym meczu z FC Luzern w trzeciej rundzie kwalifikacyjnej Ligi Konferencji Europy. Moc De Kuip po raz pierwszy poczuł tydzień później w rewanżu. Od momentu przyjścia, stał się ważną postacią zespołu i niekwestionowanym zawodnikiem pierwszej jedenastki. 

Poza występami w młodzieżowych reprezentacjach Austrii, w październiku 2018 roku po raz pierwszy został powołany do kadry seniorskiej reprezentacji. Zadebiutował w meczu towarzyskim z Danią. 

DEBIUT W FEYENOORDZIE: 05-08-2021 FC Luzern - Feyenoord 0-3