Trauner rozpoczął swoją karierę w klubie SV Kematen am Innbach w Górnej Austrii. Jako młody zawodnik, pozostał w tym klubie aż do 2006 roku. Następnie, przeniósł się do Akademii Piłkarskiej w Linzu, gdzie przeszedł przez wszystkie grupy wiekowe, od U-15 do U-19. Kulminacyjnym punktem jego kariery młodzieżowej było zdobycie mistrzostwa z drużyną U-17 w sezonie 2008/09. W lutym 2010 roku podpisał kontrakt z LASK Linz. Początkowo Trauner grał w drużynie rezerw LASK, która występowała na poziomie Landesligi. Swój debiut w barwach Czarno-Białych zaliczył 21 marca 2010 roku w meczu przeciwko SV Gmunden, gdzie strzelił jedną z bramek, przyczyniając się do zwycięstwa swojego zespołu 6-1. W swoim pierwszym sezonie zanotował dziesięć występów i strzelił trzy kolejne gole (przeciwko SV Sierning, SV Bad Schallerbach i Union Vöcklamarkt).

W sezonie 2010/11, Trauner dołączył do pierwszej drużyny LASK. W Bundeslidze zadebiutował 31 lipca 2010 roku w derbach Górnej Austrii przeciwko SV Ried, gdzie w 78. minucie zmienił go René Aufhauser. Latem 2012 roku przeniósł się do SV Ried, gdzie zadebiutował w przegranym 0:1 meczu domowym ze SK Sturm Graz, który odbył się 1 września 2012 roku. Po pięciu latach powrócił do LASK Linz. 7 marca 2015 roku Gernot Trauner strzelił swoją pierwszą bramkę w Bundeslidze, pokonując bramkarza SV Grödig w meczu zakończonym wynikiem 2:1. W maju 2015 roku jego kontrakt został przedłużony o dwa lata, do lata 2017 roku. Po spadku Ried do drugiej ligi, wrócił do klubu Bundesligi i stał się niezastąpiony. Grał niemal we wszystkich meczach, od początku do końca i został nawet kapitanem drużyny, bez którego nie można było już sobie wyobrazić zespołu. Po wielu latach gry na austriackich boiskach, 26 lipca 2021 roku został ogłoszony nowym zawodnikiem Feyenoordu.

Trauner zadebiutował w barwach klubu z Rotterdamu 5 sierpnia 2021 roku, w meczu wyjazdowym przeciwko FC Luzern, w trzeciej rundzie kwalifikacyjnej Ligi Konferencji Europy. Pierwszy raz doświadczył atmosfery De Kuip tydzień później, podczas rewanżu. Od czasu swojego przybycia, stał się kluczowym zawodnikiem zespołu i niekwestionowanym członkiem pierwszej jedenastki. W swoim drugim sezonie został mianowany wicekapitanem (w sezonie 23-24 już kapitanem) i nie opuścił ani minuty pierwszej połowy kampanii. Jednakże w grudniu 2022 roku, doznał kontuzji łąkotki podczas treningu, co wyeliminowało go z gry na dwa miesiące. Do aktywnej gry powrócił 26 lutego 2023 roku. 21 marca ogłoszono, że przedłużył swój kontrakt do połowy 2026 roku. Poza grą w młodzieżowych reprezentacjach Austrii, w październiku 2018 roku po raz pierwszy otrzymał powołanie do seniorskiej kadry narodowej i zadebiutował w meczu towarzyskim przeciwko Danii. Zagrał też na Euro 2024 i zdobył nawet bramkę w meczu z Polską. 

DEBIUT W FEYENOORDZIE: 05-08-2021 FC Luzern - Feyenoord 0-3