Jordan Lotomba rozpoczął swoją piłkarską drogę w akademii Yverdon-Sport FC, skąd przeniósł się do młodzieżowych struktur FC Lausanne-Sport. W barwach klubu z Lozanny zadebiutował w profesjonalnych rozgrywkach w 2016 roku. Jako wszechstronny obrońca szybko zwrócił na siebie uwagę, co zaowocowało transferem do BSC Young Boys, gdzie osiągnął największe sukcesy w swojej dotychczasowej karierze. W drużynie z Berna Lotomba trzykrotnie zdobył mistrzostwo Szwajcarii. W barwach Young Boys rozegrał 79 meczów w Swiss Super League i 12 spotkań w europejskich pucharach.

Równolegle przeszedł przez wszystkie szczeble młodzieżowych reprezentacji Szwajcarii i regularnie występował w kadrze U-21. Jego rozwój zaowocował transferem do OGC Nice we Francji, gdzie w pierwszym sezonie (2020/21) rozegrał aż 36 spotkań. Po udanych występach w młodzieżowej kadrze narodowej został powołany na EURO 2021 do seniorskiej reprezentacji, z którą dotarł do ćwierćfinału, eliminując m.in. Francję w 1/8 finału.

Po turnieju wrócił do Nicei z nową energią, stając się jednym z podstawowych zawodników zespołu. W sezonie 2021/22 rozegrał 34 mecze we wszystkich rozgrywkach i w marcu zdobył swoją pierwszą bramkę w barwach Szwajcarii w meczu z Kosowem. Rok później, w kampanii 2022/23, wystąpił 40 razy – najwięcej od momentu przyjścia do klubu – stając się ulubieńcem kibiców. W lutym został wybrany trzecim najlepszym zawodnikiem miesiąca przez fanów Nicei w plebiscycie „Aiglon du Mois”. Niestety, jego dynamiczny rozwój zahamowała kontuzja kostki w marcu, choć zdołał wrócić na końcówkę sezonu. 2 września 2024 roku ogłoszono, że Jordan Lotomba został nowym zawodnikiem Feyenoordu. Podpisał kontrakt obowiązujący do 2027 roku.