Thomas Beelen rozpoczął swoją przygodę z piłką nożną w 2005 roku, dołączając do lokalnego klubu VV Hierden. Już jako dziecko wyróżniał się na tle rówieśników nie tylko umiejętnościami technicznymi, ale również dojrzałością w grze i doskonałym zrozumieniem boiskowych realiów. Jego potencjał szybko dostrzegli skauci profesjonalnych drużyn, co zaowocowało przenosinami do akademii młodzieżowej FC Twente w 2011 roku. W barwach młodzieżowych drużyn tego klubu Thomas rozwijał się przez kolejne pięć lat.
Niestety, w 2016 roku musiał podjąć trudną decyzję o odejściu z akademii. Powodem była reorganizacja wewnętrznego transportu – klub zrezygnował z dowozu młodych zawodników na treningi, nakładając na nich obowiązek korzystania z komunikacji publicznej. W przypadku Beelena oznaczało to nawet pięć godzin codziennych dojazdów, co było nie do pogodzenia zarówno z jego edukacją, jak i dalszym rozwojem sportowym. Po rocznej grze w amatorskim VVOG, w 2017 roku Beelen dołączył do akademii PEC Zwolle, gdzie jego rozwój nabrał jeszcze większego tempa.
Dzięki systematycznemu postępowi i profesjonalnemu podejściu został zauważony przez sztab pierwszego zespołu. W trakcie przygotowań do sezonu 2021/2022 został zaproszony do treningów z drużyną seniorską. Przełomowy moment nastąpił 3 kwietnia 2022 roku, kiedy po raz pierwszy znalazł się w kadrze meczowej na ligowe spotkanie. Dwa tygodnie później zadebiutował w Eredivisie, wchodząc na boisko w 87. minucie wyjazdowego meczu przeciwko RKC Waalwijk. W sezonie 2021/2022 zaliczył łącznie trzy występy w najwyższej klasie rozgrywkowej. Niestety, PEC Zwolle nie zdołał utrzymać się w Eredivisie i spadł do Eerste Divisie.
Pomimo spadku, klub nie zrezygnował z Beelena. Wręcz przeciwnie – 8 czerwca 2022 roku Thomas podpisał swój pierwszy profesjonalny kontrakt, obowiązujący przez jeden sezon z opcją przedłużenia. Już trzy miesiące później, doceniając jego rozwój i zaangażowanie, PEC Zwolle przedłużył umowę do 2025 roku, co potwierdziło rosnące zaufanie do młodego obrońcy. W sezonie 2022/2023, już jako kluczowy zawodnik pod wodzą trenera Dicka Schreudera, Beelen był filarem defensywy PEC Zwolle.
Trener konsekwentnie stawiał na grę z pięcioosobową linią obrony, w której Thomas odgrywał istotną rolę. 3 marca 2023 roku zdobył swoją pierwszą bramkę w rozgrywkach ligowych, przyczyniając się do historycznego zwycięstwa 13:0 nad FC Den Bosch. Rezultat ten wyrównał rekord najwyższego zwycięstwa w historii profesjonalnej piłki nożnej w Holandii, wcześniej ustanowiony przez Ajax w meczu z VVV-Venlo. PEC zakończył sezon na drugim miejscu w tabeli, co zapewniło drużynie bezpośredni powrót do Eredivisie.
Beelen rozegrał łącznie 30 meczów ligowych i odegrał kluczową rolę w tym sukcesie. Jego postawa nie umknęła uwadze większych klubów. Latem 2023 roku podpisał czteroletni kontrakt z Feyenoordem Rotterdam, obowiązujący do końca sezonu 2026/2027. Zadebiutował w nowych barwach 13 sierpnia 2023 roku w ligowym spotkaniu przeciwko Fortunie Sittard. Początkowo pełnił rolę rezerwowego, jednak po przerwie zimowej zdołał wywalczyć sobie miejsce w podstawowej jedenastce, wypierając z niej doświadczonego Gernota Traunera.
Kolejnym ważnym punktem w jego karierze był występ w podstawowym składzie Feyenoordu w finale Pucharu Holandii, rozegranym 21 kwietnia 2024 roku. Drużyna z Rotterdamu pokonała NEC Nijmegen 1:0, a Holender zdobył swoje pierwsze trofeum w seniorskiej karierze. Zaledwie cztery miesiące później mógł cieszyć się z kolejnego sukcesu – zwycięstwa w Superpucharze Holandii (Johan Cruijff Schaal), gdzie Feyenoord pokonał PSV Eindhoven po emocjonującej serii rzutów karnych.
Sezon 2025-2026 stracił z powodu złamania nogi w sparingu przed wspomnianą kampanią. Nie zagrał w ani jednym spotkaniu, a rehabilitacja przeciągnęła się aż do lata 2026 roku.
Feyenoord
PEC Zwolle
Feyenoord Rotterdam
Ajax Amsterdam
PSV Eindhoven
FC Twente
AZ Alkmaar
Søren Tengstedt
Brynjólfur Willumsson
Milan Zonneveld
