Watanabe wychował się w Saitamie, mieście położonym na obrzeżach Tokio. Swoje pierwsze piłkarskie kroki stawiał w lokalnym klubie Obukuro FC, skąd został dostrzeżony przez skautów FC Tokyo. Spędził dwa lata w akademii tego klubu, po czym kontynuował rozwój w systemie szkolnym i uniwersyteckim w Japonii - niezwykle ważnym etapie w karierze wielu japońskich piłkarzy. To właśnie w tamtym okresie, pierwotnie grający jako pomocnik Watanabe, został przekwalifikowany na środkowego obrońcę.

Pomogła mu w tym m.in. imponująca przemiana fizyczna i świetna gra w powietrzu, które sprawiły, że zaczął być uznawany za jednego z najlepszych graczy w japońskich rozgrywkach akademickich. Jako 18-latek kontynuował naukę i grę w barwach Chuo University, gdzie prezentował się na tyle dobrze, że w lutym 2019 roku FC Tokyo zdecydowało się ponownie dać mu szansę - tym razem w pierwszym zespole. Już dwa miesiące później zadebiutował w J.League, najwyższej klasie rozgrywkowej w Japonii.

Łącznie rozegrał dla stołecznego klubu 103 spotkania, a w 2020 roku sięgnął z nim po krajowy Puchar Ligi (J.League Cup). W 2022 roku Watanabe postawił kolejny krok w karierze i przeniósł się do Europy, podpisując kontrakt z belgijskim KV Kortrijk. Szybko zaaklimatyzował się na nowym kontynencie i zwrócił na siebie uwagę większych klubów. Latem 2023 roku trafił do KAA Gent - zespołu z czołówki belgijskiej ligi.

W drużynie „Buffalo’s” był przez ostatni rok niekwestionowanym podstawowym zawodnikiem, wyróżniając się siłą, pewnością w interwencjach i boiskowym autorytetem. Z czasem został również jednym z kapitanów drużyny. Po rozegraniu 100 spotkań w barwach Gentu - zarówno w lidze belgijskiej, jak i w krajowym pucharze oraz europejskich rozgrywkach - Watanabe przeniósł się do Feyenoordu przed sezonem 2025-2026.