5 maja 1940 roku, zwycięstwo 1-0 nad DHC sprawiło, że Feyenoord ponownie został mistrzem dywizji. Po hucznych obchodach tego sukcesu przez graczy i kibiców, klub przygotowuje się do walki o swój piąty tytuł w Lidze Mistrzów. Pięć dni później, 10 maja, setki niemieckich spadochroniarzy wylądowały w Rotterdamie-Południe, a Holandia oficjalnie wypowiedziała wojnę Niemcom. Niemcy zamierzali nacierać w kierunku centrum Rotterdamu, ale holenderska piechota morska stawiała silny opór. Wyspa Północna została zajęta, a zacięte bitwy toczyły się przy mostach na rzece Maas. W dniu 14 maja 1940 roku Niemcy zbombardowali centrum Rotterdamu, co spowodowało śmierć ponad 800 osób i pozostawiło 80 000 mieszkańców miasta bez dachu nad głową, a centrum miasta zostało zniszczone.

Dzień później Holandia kapituluje. Niemieckie siły okupacyjne żądają zakończenia ligi mistrzów. Dnia 18 sierpnia 1940 r., Feyenoord zwycięża 2:0 z Heraclesem w dzielnicy Spangen (gdzie klub był zmuszony grać, ponieważ Kuip został zajęty przez Niemców), zdobywając Mistrzostwo Holandii po raz piąty. Świętowania nie będzie. "To było nierealne, surrealistyczne. Miasto leżało w gruzach, nasz angielski trener Jack Hall natychmiast uciekł do Anglii po niemieckiej inwazji. De Kuip został skonfiskowany przez nazistów", wspomina Leen Vente, którego kawiarnia została całkowicie zniszczona w bombardowaniach, opowiadając o tamtych czasach.

Z wyjątkiem ostatniego roku wojny (1944-1945) podczas drugiej wojny światowej, piłka nożna była kontynuowana "normalnie". W pierwszym "sezonie wojennym" znany rotterdamski trener boksu, Theo Huizenaar, objął funkcję trenera drużyny, która ostatecznie zajęła szóste miejsce. Następnie, klub powierzył funkcję trenera pierwszej drużyny Keesowi van Dijke, który był wcześniej zawodnikiem tego zespołu. Van Dijke doprowadził Feyenoord do zajęcia drugiego miejsca w sezonie 1941-1942. Jego następcą został Kees Pijl, inny były zawodnik i najlepszy strzelec drużyny. W 1943 roku, pod jego kierownictwem, Feyenoord zdobył mistrzostwo dywizji i uplasował się na drugim miejscu w lidze mistrzów, a w kolejnym sezonie zajął piąte miejsce.

Na zaproszenie Związku Piłki Nożnej Curaçao, który obchodził swoje 25-lecie, Feyenoord udał się w podróż pod koniec maja 1946 roku. Stał się tym samym pierwszym klubem w kraju, który odwiedził jedno z zamorskich terytoriów na jubileuszowy turniej. Z bladymi twarzami zawodnicy wsiadali na pokład samolotu KLM, który miał ich przetransportować z lotniska Schiphol przez międzylądowania w Glasgow, Nowym Jorku, Miami, Hawanie, Haiti i Arubie do Willemstad. Dla większości prostych chłopców z Rotterdamu była to wyjątkowa przygoda, chociaż prawy obrońca Joop van der Heide cierpiał na chorobę lokomocyjną. Podczas podróży i pobytu na Curaçao, piłkarze cieszyli oczy nowymi widokami i byli witani na wyspie jak królowie. Po zwycięstwach nad Arubą (4-3), Kolumbią (3-2) i Surinamem (8-1), finał z drużyną gospodarzy zakończył się porażką 4-0. 'Nikogo to nie obchodziło, ta podróż była wyprawą mojego życia. Będę zawsze wdzięczny Feyenoordowi za tę przygodę', wspominał wiele lat później wszechstronny zawodnik Jan Bens.

Holandia i Rotterdam były zdominowane przez odbudowę. To samo dotyczyło Feyenoordu. Adriaan Koonings, były zawodnik, ponownie został zatrudniony jako trener. Po rozczarowującym pierwszym sezonie, w którym zajęli szóste miejsce, główną opinią było "po prostu nie". W roku 1947 drużyna wywalczyła drugie miejsce za Ajaksem, mimo że Feyenoord wygrał na De Kuip. W kolejnym roku klub zajał pierwsze miejsce razem z EDO, a mecz na przepełnionym Stadionie Olimpijskim zakończył się porażką 2-1. W 1949 roku zespół Kooningsa uplasował się na drugiej pozycji za VSV z Velsen.

1950 – 1959

Lata 50. zaczęły się wręcz fatalnie dla Feyenoordu. Przez pewien czas w sezonie 1949-1950, drużyna ta balansowała nawet w okolicach ostatniego miejsca, zanim ostatecznie zajęła szóste miejsce na finiszu. W maju 1950 roku, zespół - w którym grała między innymi późniejsza ikona klubu, Fred Blankemeijer, występujący jako stoper - doznał w domowym Kuip porażki 9-1 w piątej rundzie turnieju pucharowego, co przez długi czas pozostawało najwyższą porażką w historii klubu.

Feyenoord również doświadcza skutków narodzin profesjonalnej piłki nożnej, której holenderska liga stanowczo się sprzeciwia i z którą walczy. Na przykład, w 1950 roku trzech zagranicznych graczy (środkowy napastnik Joek Brandes, prawy obrońca Piet Steenbergen i pomocnik Arie de Vroet) opuściło klub na rzecz lukratywnych kontraktów we Francji. Tymczasem dzikie stowarzyszenie zawodowe NBVB, które w odróżnieniu od KNVB organizuje profesjonalną piłkę nożną i przyciąga liczne tłumy, zabiega o usługi kilku graczy Feyenoordu.

W 1954 roku KNVB zmieniło taktykę, częściowo pod wpływem nacisków ze strony prezesa Feyenoordu, Cora Kiebooma. Związek zaakceptował ‘sprofesjonalizowanie’ i połączył się z NBVB. Nie oznaczało to jednak natychmiastowej poprawy wyników Feyenoordu. W pierwszym sezonie 1954-1955, Feyenoord zajął miejsce w pierwszej dziewiątce, kwalifikując się do jednej z czterech nowo utworzonych lig. Udało się to osiągnąć tylko dzięki zwycięstwu w ostatnim meczu z Alkmaar '54, gdzie konieczne było zwycięstwo. Dzięki bramce Nico de Bruijna, ale przede wszystkim dzięki fenomenalnej grze bramkarza Henka van der Bijla.

Sprytny i wpływowy Kieboom, na co dzień właściciel kopalń węgla i ropy naftowej, przez lata konsekwentnie pracował nad zbudowaniem solidnego i wysokiej jakości zespołu. W razie potrzeby sięgał do portfela, aby "kupić" nowych graczy. W 1955 roku przejął nawet cały klub Holland Sport z Hagi, co zaowocowało między innymi pozyskaniem niekwestionowanego strzelca Henka Schoutena do Feyenoordu. Natychmiast stał się najlepszym strzelcem w Holandii w 1956 roku, głównie dzięki dziewięciu bramkom zdobytym w meczu z De Volewijckers (11-4). Cor van der Gijp, najskuteczniejszy zawodnik w historii Feyenoordu, dołączył do drużyny w tym samym roku. Kieboom płaci Emmie, z siedzibą w Dordrechcie, 18 000 guldenów za napastnika.

18 września 1955 roku, w meczu z MVV (1-3), to Coen Moulijn zadebiutował w czerwono-białej koszulce Feyenoordu. Lewoskrzydłowy dołączył do klubu za 25,000 guldenów, przechodząc z Xerxes w Rotterdamie Północnym. Rozegrał 607 meczów dla klubu, stając się jednym z największych graczy w jego historii. Sezon 1956-1957 był pierwszym sezonem Eredivisie, jaką znamy dzisiaj. Ponieważ w poprzednich latach Feyenoord zawsze grał w innych dywizjach, pierwszy Klassieker od dziewięciu lat odbył się w wypełnionym De Kuip, gdzie Feyenoord pokonał Amsterdmaczyków aż 7-3. Daan den Bleijker był wielkim bohaterem tego popołudnia, zdobywając cztery bramki.

Feyenoord rozegrał wspaniały mecz, tłum w De Kuip - który od 1957 roku dysponuje również systemem oświetlenia - cieszył się mnóstwo razy. Jednak wyniki pozostają niestabilne, a pozycje w tabeli słabe. Przede wszystkim brakuje zawodników, którzy zakasują rękawy. Po przyjściu bramkarza Eddy'ego Pietersa-Graaflanda w 1958 roku z Ajaksu, klub sprowadził uznanych zawodników, takich jak Reinier Kreijermaat (Elinkwijk), Jan Klaassens (VVV) i Rinus Bennaars (NOAD) do Rotterdamu. Nowe sukcesy wydają się być tylko kwestią czasu.