Urodzony w Kopenhadze, syn Bjarnea Tomassona oraz Leily Dahl Petersen. Tomasson w piłkę zaczął grywać w Solrød BK, niedaleko Køge. W 1992 roku zaliczył debiut w seniorskiej drużynie, której pomógł wywalczyć awans do Danish 2nd Division. W grudniu 1994 roku w wieku osiemnastu lat przeniósł się do Holandii , kiedy podpisał swój pierwszy profesjonalny kontrakt z SC Heerenveen. Już w rozgrywkach 1995/96 Tomasson był najlepszym strzelcem klubu, strzelając 14 goli w 30 ligowych meczach. Rok później, koronę najlepszego snajpera w zespole założył raz jeszcze. Jego sukces przyciągnął zainteresowanie innych klubów. Ostatecznie trafił do Newcastle United w 1997 roku, którym dowodził wówczas Kenny Dalglish.

Były bohater Liverpoolu widział w Tomassonie doskonałego zmiennika legendarnego Alana Shearera. Początkowo wszystko układało się bardzo dobrze. Snajper pozostawił po sobie m.in dobre wrażenie podczas pre sezonu w Irlandii. Niemniej jednak później, gdy zagrożona została pozycja Shearera w połączeniu z kontrowersyjnym transferem popularnego Lesa Ferdinanda do Tottenhamu Hotspur, oznaczało, że Tomasson został przesunięty do środka pola. Duńczyk walczył z dostosowaniem się w angielskim zespole, jednak we wszystkich rozgrywkach zaliczył jedynie cztery gole w 35 spotkaniach we wszystkich rozgrywkach. Tak więc w lipcu 1998 roku wrócił do Eredivisie, gdzie zasilił Feyenoord Rotterdam.

Pierwszy sezon 1998/99 w klubie był udany zarówno dla niego samego jak i klubu, z którym wywalczył mistrzostwo oraz puchar kraju. Tymczasem w 2002 roku z Portowcami osiągnął jeden z największych sukcesów w swej karierze. Wówczas wraz z Feyenoordem zgarnął Puchar UEFA. On i wysoki napastnik Pierre van Hooijdonk utworzyli duet napastników, którzy po kolei eliminowali SC Freiburg , Rangers FC , PSV Eindhoven, Inter Mediolan a w wielkim finale Borussię Dortmund. Tomasson strzelił gola na 3:1. W lecie 2002 roku, jego kontrakt z Feyenoordem wygasał przez co zgodził się na bezpłatny transfer do Włoch, dokładnie do AC Milan. W pierwszym roku w Mediolanie w sezonie 2002/03 do swego CV dopisał Puchar Italii.

Tomasson najczęściej występował jako rezerwowy, choć zdążył zdobyć trzy bramki w Lidze Mistrzów, którą później Milan wygrał. W następnym sezonie Jon wywalczył Superpuchar Włoch. W tym samym roku Tomasson otrzymał więcej czasu gry i odwdzięczył się dwunastoma trafieniami w Serie A, którą również zgarnęli mediolańczycy. W kolejnych latach Tomasson walczył o swoje ale na dobre nie mógł się wbić do pierwszego składu. W finale Ligi Mistrzów z Liverpoolem w 2005 roku pojawił się na placu gry jako zmiennik. Spotkanie musiały rozstrzygnąć rzuty karne. Duńczyk pewnie wykorzystał swą próbę, jednak Serginho , Andrea Pirlo i Andrij Szewczenko nie wzięli z niego przykładu i ostatecznie ulegli.

Tomasson został uznany za zbędnego gdy napastnik Christian Vieri dołączył do klubu w lipcu 2005 roku. Zarówno zawodnik jak i pracodawca zdecydowali przyjąć ofertę od niemieckiego Vfb Stuttgart. W nowym zespole grywał już już jego dobry znajomy Jesper Grønkjær, choć rozgrywki 2005-06 nie były dla obu udane. Co prawda Tomasson zaliczył kilka trafień, lecz nie uratowało do zespołu od fatalnej, dziewiątej pozycji na koniec zmagań ligowych. Po sezonie, Grønkjær opuścił klub, a Tomasson łączony był w lecie 2006 z transferem do Birmingham City. Pozostał, jednak już dwudziestego czwartego stycznia 2007 wypożyczony został do Villarreal. W ekipie z Primera División zastąpić miał kontuzjowanego Nihata Kahveciego.

Gdy wypożyczenie dobiegło końca, pierwszego lipca 2007 zasilił szeregi rezerw Vfb w Regionalliga. Kilka dni później na stałe związał się z Villareal. W pierwszym meczu sezonu La Liga 2007/08, Jon Dahl zdobył gola w wygranym meczu 3-0 przeciwko Valencii na Mestalla. Była to jedna z trzech bramek jakie zdobył w tych rozgrywkach. W wyniku rozczarowującego sezonu w barwach Żółtej Łodzi Podwodnej, został umieszczony na liście transferowej na koniec sezonu. Początkowo łączony był z Feyenoordem, jednak madrycka Marca sądziła, że Duńczyk odrzucił ofertę. Spekulacje okazały się prawdziwe i 2 lipca 2008 roku na zasadzie wolnego transferu wrócił do Feyenoordu, podpisując trzyletni kontrakt z holenderskim zespołem.

Na dobry początek zaliczył cztery gole w trzech meczach. Trzy z nich z rzutów karnych. W niedzielę, piętnastego sierpnia 2009 roku zdobył 103 bramkę w Eredivisie w pojedynku z Heracles Almelo (0-1). W kolejnych sezonach utrzymywał formę i był gwarancją co najmniej kilku trafień. W sezonie 2009/2010 został najlepszym strzelcem Feye z dwunastoma trafieniami na koncie. Następny rok, jak sam przyznał, był najgorszym jakiego doświadczył. Duńczyk pauzował od Mistrzostw Świata w 2010 roku, podczas których nabawił się poważnego urazu, wykluczającego go, jak się z czasem okazało, na kolejne dwanaście miesięcy. Ostatecznie na boisko już nie wrócił, ponieważ 7 czerwca oficjalnie ogłosił zakończenie kariery. A po niej rozpoczął przygodę z ławką trenerską. 

Mecze w Feyenoordzie: 159
Bramki w Feyenoordzie: 75

[Opracował: Damian Maszycki]