Ono swoją karierę rozpoczął w Urawa Red Diamonds w 1998 roku. W tym samym roku został najmłodszym japońskim zawodnikiem, który na Mistrzostwach Świata 1998 wystąpił już w wieku 18 lat. Uwagę zagranicznych klubów zwrócił na siebie jednak rok później, podczas MŚ juniorów w Nigerii. Jako kapitan poprowadził Japonię U-20 do finału. Rok później, podczas kwalifikacji do Igrzysk Olimpijskich 2000 doznał poważnej kontuzji kolana, która wykluczyła go z reszty sezonu i dalszej części eliminacji. Po dobrych wynikach w Pucharze Konfederacji 2001, Ono przeniósł się do Feyenoordu Rotterdam.

Jego osobą interesowała się też Borussia Dortmund. W swoim pierwszym sezonie pomógł Portowcom wygrać Puchar UEFA 2002, czyniąc go pierwszym japońskim zawodnikiem w historii, który zdobył europejskie trofeum. Jego gra w Rotterdamie była ściśle monitorowana w ojczyźnie. Ono strzelał przede wszystkim ważne bramki w turnieju o Puchar UEFA. Najpierw przeciwko Freiburgowi na De Kuip, a później na stadionie Ibrox przeciwko Rangersom, gdy popisał się fantastycznym strzałem w krótki róg z okolic 16 metra. Później ciąg kontuzji sprawił, że pomocnik stracił większość sezonu 2004-2005. I w końcu klub postanowił go sprzedać. Mimo, że jego osobą interesował się niemiecki Bolton, Shinji postanowił wrócić na stare śmieci, do Urawy.

Po odejściu z Holandii, Holender Wesley Sneijder powiedział: - Shinji Ono był najtrudniejszym przeciwnikiem przeciwko któremu kiedykolwiek grałem. W styczniowym okienku transferowym w 2008 roku, Ono powrócił do Europy, podpisując kontrakt z występującym w Bundeslidze Vfl Bochum. 3 lutego 2008 zadebiutował w niemieckiej ekstraklasie podczas spotkania z Werderem Brema. Już w swoim pierwszym występie miał dwie asysty, które pomogły Bochum wygrać z Werderem po raz pierwszy na Weserstadion. Również w Niemczach Ono miał problemy zdrowotne i przez dwa lata wystąpił tylko w 34 meczach, w który odnotował tylko cztery asysty. W przerwie zimowej 2009-10, Ono wrócił do Japonii z powodów osobistych.

9 stycznia 2010 związał się z Shimizu S-Pulse. W jednym z wywiadów zdradził, że powodem jego powrotu było pogodzenie się ze swoją żoną i dziećmi, którzy nadal mieszkali w Japonii. Już dwa lata później, 28 kwietnia ogłoszono, że ex-Portowiec wyjechał do Australii, gdzie zasilił Western Sydney Wanderers. Klub z A-League, zanim ściągnął Ono, próbował zakontraktować byłego reprezentanta Niemiec, Michaela Ballacka. Tymczasem Japończyk w nowym zespole zadebiutował 6 października w pierwszym meczu sezonu z Central Coast Mariners. Na premierowe trafienie czekał do 10. kolejki, w czasie której z rzutu karnego pokonał bramkarza Brisbane Roar. Cztery kolejki później, jego dwa wspaniałe gole dały Wanderers triumf 2-1 nad Melbourne Victory.

12 kwietnia 2013 roku, Ono walnie przyczynił się do finałowej wygranej z Brisbane Roar (2-0). Gdy urodzony w Numazu gracz nie miał problemów ze zdrowiem, zawsze był obecny w kadrze narodowej. W zespole swojego kraju zadebiutował 1 kwietnia 1998 przeciwko Korei Południowej. Po występie w Mistrzostwach Świata w 1998 roku, był kluczowym piłkarzem Japonii na Mistrzostwach Świata FIFA 2002 Reprezentował Japonię w każdym przedziale wiekowym, począwszy od drużyny U-16. Kontuzje sprawiły, że nie dokończył eliminacji do Mistrzostw Świata 2006, a ponadto zabrakło go w Pucharze Konfederacji w 2003 i 2005 roku. Mundial w Niemczech był jego trzecim w karierze.

Mecze w Feyenoordzie: 112
Bramki w Feyenoordzie: 19

[Opracował: Damian Maszycki]